Landet avholdt demokratiske valg i 1993, der Moshood Abiola vant valget som ny sivil president. Valgresultatene ble derimot annullert av statssjef Ibrahim B. Babangida, som hadde sittet med makten siden et militært statskupp i 1985. Abiola ble fengslet i 1994 da han hevdet sin rett til presidentembetet.
Voldsomme protester, generalstreik og demonstrasjoner rystet landet. Babangida nedsatte en overgangsregjering i august 1993, ledet av Ernest Shonekan med general Sani Abacha som forsvarsminister.
Fra diktatur til demokrati
I november 1993, etter bare fem måneder, ble Shonekan tvunget til å trekke seg tilbake og overlate roret til general Abacha. Inntil sin død i juni 1998, styrte Abacha Nigeria med jernhånd. Abachas regjeringsperiode var preget av korrupsjon i form av personlig berikelse på vegne av seg selv, sin familie og sine nærmeste fortrolige. Henrettelsen av Ken Saro-Wiwa og de åtte andre ogoni-aktivistene i november 1995 førte til internasjonal fordømmelse. Bevisstheten om de internasjonale oljeselskapenes bidrag til å befeste diktaturet økte verden over, og en omfattende internasjonal bevegelse for oljeboikott kom på banen.
Nigeria-kampanjen ble til i Norge, der blant andre , og krevdeStatoil ut av Nigeria.
Abachas grep om makten ble stadig fastere, og flere generaler ble dømt til døden i slutten av april 1998. Offiserer i hæren ble tvunget til å gå med Abacha-emblemer. Presidentvalg ble forberedt, og Abacha-kampanjen delte ut fjernsynsapparater og sekker med ris. Samtidig sørget han for at landets fem lovlige partier godtok ham som eneste presidentkandidat. Valget til nasjonalforsamling ble boikottet av de fleste partier.
Fiendene ble mange, og i juni 1998 døde Abacha angivelig av hjerteanfall. Forsvarsjef Abdulsalam Abubakar overtok. Opposisjonen krevde Moshood Abiola innsatt som president for en overgangsregjering. I stedet løslot Abubakar ni prominente fanger, inkludert Olusegun Obasanjo, men Abiola ble sittende i fengsel til han døde i juli 1998.
I 1999 gjorde Abubakar som han hadde lovet; valg på president og parlament ble avholdt, og makten overført til et demokratisk valgt regime. Tre partier deltok, , , og .
AD og APP stilte med felles presidentkandidat, Olu Falae. PDPs kandidat Olusegun Obasanjo vant imidlertid presidentvalget med 63 prosent av stemmene
Obasanjo styrte Nigeria fra 1976 til 1979, og er kjent for å ha vært den første militærlederen i Afrika som overlot makten til en valgt sivil regjering. Han ble arrestert i 1995 for motstand mot militærregimet. Selv om den tidligere militærlederen stilte til valg som sivilperson, ble det notert at han hadde militærets støtte.
Obasanjos PDP vant flertall også i parlamentet, med 206 av 360 plasser i og59 av 109 i senatet.
Nord-sør-konflikt
Nigeria er svært, både i areal og folketall. Å holde så mange nasjoner sammen har vært landets største utfordring; en nærmest umulig oppgave. Tradisjonelt har det alltid vært en nord-sør-konflikt i Nigeria. Yorubaen Obasanjo er den første president siden 1960 som har vært fra sør. De muslimske hausa-fulaniene i nord har dominert hæren og dermed politikken siden uavhengigheten. Obasanjo har forsøkt å redusere nordlendingenes innflytelse, og har sparket flere hausa-fulanier fra hæren.
Nordlendingene har kommet best ut av årene med diktatur, og er naturlig nok redd for å miste sine privilegier når det gjelder jord og ressurser.
Delstaten Zamfara innført shari’ah i januar 2000, av mange tolket som et forsøk på å ta makt fra Obasanjo, og gi den nordlige eliten større handlingsrom. Andre delstater som Kano og Kaduna har uttrykt ønske om å følge etter. Motstandere av shari’ah har blitt forfulgt i nord.
De etniske konfliktene har ført til blodige sammenstøt i både nord og sør, med hundrevis av drepte de siste to årene. Konflikter mellom yoruba- og hausa-befolkningen har brutt ut i åpne slag, og hæren har blitt sendt inn i flere tilfeller, og innført portforbud.
I tillegg har hundrevis av mennesker blitt drept i Niger-deltaet, der lokalsamfunnene har krevd en del av velstanden fra oljen som pumpes opp av jorda deres. Oljeutvinningen forårsaker også forurensing av jord og grunnvann.
Sosiale forhold
Det har vært liten eller ingen satsing på jordbrukssektoren, noe som har medvirket til omfattende urbanisering. Den store byveksten har medført overbefolkning og forslumming.
Forventet levealder er på rundt 50 år. Flere hjernehinnebetennelse- kolera- og meslingepi-demier har rammet en nedkjørt og i stor grad underernært befolkning på 1990-tallet. Landet er dårlig utstyrt med leger, sykehus og helsestasjoner under normale omstendigheter, og epidemier bekjempes best gjennom storstilt vaksinering, men er svært vanskelige å stoppe etter at de har brutt ut.
Forholdene er heller ikke gode når det gjelder utdanning. Bare 57 prosent av befolkningen over 15 år kan lese- og skrive. Samfunnsforholdene har gjort at landet har mistet brorparten av sine beste fagfolk innen utdanning, helse og næringsliv til utlandet.
Menneskerettighetssituasjonen i Nigeria har i en årrekke blitt kritisert, både med hensyn til ytringsfrihet og frihetsberøvelse, av internasjonale organisasjoner som Amnesty International og Human Rights Watch, men også fra nigerianske bevegelser som (CDHR). Gjennom alle årene med militærregimer har befolkningen måttet leve med en smal balansegang mellom opposisjon og undertrykkelse. I stedet for å løse problemene, utfordringene og de etniske motsetningene i samfunnet, har regimene svart med sensur, fengsling, tortur, henrettelser og drap.
I stedet for å forsone ulike etniske, kulturelle og religiøse motsetninger, har slike identiteter snarere blitt utnyttet av autoritære regimer som ledd i splitt og hersk teknikk. Dette har forsterket slike motsetninger, og kan noe forenklet tolkes som bakgrunn for oppblomstring av sosiale konflikter under Obasanjos sivile styre.
Samtidig har dette i sin tur ført til at både politi, militære enheter og ulike overvåkningsorganisasjoner har fortsatt å ty til vold og drap for å opprettholde ro og orden, også på grunn av en fortsatt manglende gjennomgripende demokratisk reform av og kontroll over de tidligere autoritære regimenes lojale undertrykkelses-apparater.
Økonomi
Obasanjo-administrasjonen gjennomfører en stortilt reform av økonomien, som ser ut til å gi resultater – i hvert fall på papiret.
Landet er i forhandlinger med Parisklubben om gjeldslette, og er i ferd med å inngå en avtale med IMF som innebærer en millard USD i lån. Begge disse avtalene er på betingelse av økonomiske reformer. Privatiseringen av nasjonale selskaper fortsetter derfor i stor skala.
De tidligere militærregimene lyktes ikke med å utvide økonomien bort fra avhengiheten av den kapitalintensive oljesektoren, og en større satsing på jordbruk står for døren. Oljen utgjør 20 prosent av BNP og 95 prosent av landets eksportinntekter.
Det drives stort sett selvbergingsjordbruk, og Nigeria som tidligere var en storeksportør av mat må nå importere mat. Økte investeringer fra utlandet og høye oljepriser ser ut til å gi en vekst på over fem prosent i 2000-2001.