Burundi styres nå av selvutnevnt interimpresident Pierre Buyoya, som tok makten sammen med hæren i et ublodig kupp i 1996. I 1998 ble det opprettet en overgansregjering og en midlertidig grunnlov, som la grunnlaget for en fredsprosess mellom militærregjeringen og hutu-opprørere. Det hutu-dominerte opposisjonspartiet Front pour la Démocratie au Burundi (Frodebu) ble tatt inn i regjeringen. Men lidelsene tar ikke slutt for befolkningen. Borgerkrigen fortsetter, til tross for en fredsavtale som ble underskrevet i september 2000.
Burundis første demokratiske valg i 1993, resulterte i at hutu-politikeren, Melchior Ndadaye fra Frodebu, ble valgt til president. Han og flere andre høytstående politikere ble myrdet av medlemmer av den tutsi-dominerte hæren få måneder senere. Dette var starten på en ny voldsbølge i landet. Man antar at 200.000 mennesker fra begge folkegrupper har mistet livet siden urolighetene startet i 1993 og fram til i dag.
Uverdige "omgrupperingsleirer"
Anslagsvis 800.000 mennesker, hovedsakelig hutuer, ble plassert i såkalte "omgrupperingsleirer" mellom 1996 og 1998, hvor de levde under svært uverdige forhold. Leirene ble gjenstand for massiv internasjonal kritikk, og burundiske myndigheter gikk derfor med på å stenge de fleste av leirene i 1998. I forbindelse med en militær offensiv fra hutu-opprørerne i september 1999, tvangsflyttet myndighetene likevel 300.000 mennesker til tilsvarende leirer i, under begrunnelsen av at dette var nødvendig for å skille opprørerne fra de sivile. De fleste av leirene er igjen stengt etter internasjonalt press, men dette har bare resultert i at menneskene som var i leirene nå er drevet ut i ødemarken.
I løpet av 1999 og 2000 har det vært uroligheter i flere provinser i Burundi. Konflikten blusset opp igjen i juni 1999, spesielt i områdene sør i landet og rundt hovedstaden Bujumbura. Den nye utviklingen medførte en økning i antallet internt fordrevne med mellom 300.000 og 400.000. Konflikten i Kongo-Kinshasa bidro også til å skape en ustabil situasjon.
Til tross for uroligheter langs grensen vendte en jevn strøm av burundiere tilbake til de østlige delene av Burundi fra Tanzania i 1999 og 2000. I andre deler av Burundi førte imidlertid uroligheter til at sivilbefolkningen flyktet til Tanzania. Totalt finnes det 800.000 internt fordrevne i Burundi. I tillegg har mer enn 300.000 flyktet til nabolandene. De fleste av disse befinner seg i Tanzania.
Økonomi og levekår
Burundi var et av verdens fattigste land allerede før opptrappingen av konflikten i 1993. De siste års borgerkrig, samt den økonomiske boikotten mot landet, har ytterligere forverret situasjonen. Den ustabile situasjonen i Burundi fører til at få tar sjansen på å investere i landet, og det er lite trolig at internasjonale aktører vil investere før en permanent fredsavtale ligger på bordet. Både utdanningssystemet, helsevesenet og næringslivet er langt på vei lammet av konflikten. Dette gjenspeiles i Human Development Index fra FNs utviklingsprogram (UNDP), hvor Burundi rangeres femte sist blant alle verdens land. Ca. 90 prosent av arbeidsstyrken er knyttet til landbruk. Kaffeproduksjon har tradisjonelt vært landets viktigste inntektskilde, og representerer mer enn 80 prosent av landets eksportinntekter.
Helse og utdanning
Sikkerhetssituasjonen har gjort at mange har hatt problemer med å dyrke jorden på vanlig måte. I tillegg har de nordlige og østlige delene av landet vært rammet av tørke det siste året. Mange er derfor helt avhengig av matdistribusjonen fra utenlandske organisasjoner.
Begrenset tilgang på mat og rent drikkevann, samt dårlige sanitære forhold, har gjort at helsesituasjonen mange steder er prekær - især i leirene for de internt fordrevne. Helsetilbudet har blitt redusert de siste årene, ikke minst på grunn av mangelen på utdannet helsepersonell. Det rapporteres om epidemier av kolera, malaria, tyfus og meningokokk. Også spredningen av hiv og aids har tiltatt de siste par årene.
Andelen barn som får grunnutdanning har gått ned fra 70 prosent i 1992-93 til 52 prosent i 1998-99. Situasjonen i enkelte konfliktområder er spesielt nedslående. I Bubanza går kun 6,6 prosent av barn i skole. En undersøkelse i 1997 viste at 13 av 70 leirer for internt fordrevne ikke hadde noe skoletilbud overhode. Kostnadene til skolepenger, bøker og uniformer gjør dessuten at mange foreldre ikke har råd til å sende ungene til skole. Til tross for at myndighetene har bestemt at de internt fordrevne skal slippe skolepenger, har dette ikke blitt fulgt opp.
Fredsinitiativ
Nabostatene, støttet av Organisasjonen for Afrikansk Enhet (OAU), innførte økonomisk boikott mot landet etter militærkuppet. Denne ble hevet i januar 1999, men de forventede investeringene uteble. Siden 1998 har det pågått fredsforhandlinger i Arusha i Tanzania, hvor burundiske myndigheter, politiske partier, ulike opposisjons-grupperinger og representanter fra det sivile samfunn har deltatt.
Det ble undertegnet en fredsavtale mellom alle partier og de fleste av opprørsgruppene i september 2000, etter at tidligere president i Sør-Afrika, Nelson Mandela, hadde tatt over som fredsmekler i januar. Partene har gått med på en begrenset kompromissavtale om en etnisk balansert overgangsregjering som skal sitte fram til det avholdes valg innen tre år. Men de viktigste militsgruppene undertegnet ikke fredsavtalen, og kampene er nå verre enn noensinne. Det ser ikke ut til å bli en snarlig løsning på borgerkrigen.