Over 100 mennesker ble drept som følge av Sør-Afrikas og Botswanas invasjon for å stanse opptøyene, på oppdrag av Southern African Development Community (SADC).
Den spente situasjonen har nå roet seg. Regjeringspartiet Lesotho Congress for Democracy (LCD) og statsminister Bathuel Pakalitha Mosisili ble sittende etter invasjonen. Det ble også utnevnt en kommisjon kalt Interim Political Authority (IPA) med representanter fra de 12 største partiene som skal forberede nytt valg og ny valgordning. Valget skal etter planen avholdes våren 2001.
Valget i 1998
I valget i mai 1998 fikk opposisjonspartiene 40 prosent av stemmene, men valgordningen der vinneren tar alt, ga LCD 78 av de 80 plassene i parlamentet.
De to viktigste opposisjonspartiene, det konservative Basotho National Party (BNP) og det sosialdemokratiske Basotho Congress Party, påsto at det hadde vært omfattende og systematisk valgfusk, og gikk til rettsak fordi de ble nektet adgang til valgdokumentasjon. Høyesterett innvilget opposisjonen adgang til dokumentasjonen, og etter at det ble påvist uregelmessigheter beleiret store folkemengder det kongelige palasset i Maseru. Kong Letsie III ble oppfordret til å annullere valget, men han nektet.
En uavhengig valgkommisjon ble etablert av SADC under sørafrikansk ledelse. Kommisjonens rapport slo fast at det hadde vært uregelmessigheter, men ikke i tilstrekkelig grad til å kunne annullere valget
Deler av hæren hadde da gått ut til støtte for opposisjonspartiene, og hærledelsen flyktet til Sør-Afrika. I slutten av september gikk sørafrikanske og botswanske styrker inn i landet på oppfordring fra Lesothos statsminister Pakalitha Mosisili, og på oppdrag fra SADC, for å avverge et eventuelt militærkupp.
SADC-styrkene møtte større motstand enn de hadde ventet da de forsøkte å få kontroll over Maseru og Katse-dammen som er viktig for Sør-Afrikas vann- og strømforsyning. Hovedstaden ble plyndret og store deler ble lagt i ruiner.
Men SADC-styrkene fikk kontroll i løpet av to dager, og etter forhandlinger fikk LCD og statsminister Mosilisi makten tilbake, og IPA ble etablert. 9 sørafrikanske soldater, 58 lesothiske soldater og 47 sivile ble drept i kampene. 450 nye soldater ankom fra Sør-Afrika den 27. september for å oppretteholde lov og orden.
Utsatt nyvalg
Sør-Afrikas sikkerhetsminister Sydney Mufamadi letdet forhandlingene mellom regjeringen og opposisjonen. Den 2. oktober ble det bestemt at nyvalg skulle holdes den 8. april 2000, og at regjeringen skulle bli sittende frem til dette. I månedsskiftet april/mai 1999 trakk SADC-styrkene seg ut av Lesotho, men den ventede uroen i kjølvannet av tilbaketrekningen uteble.
Sosiale forhold
De sosiale forholdene har forverret seg i løpet av 1990-årene. Den forventete levealderen var på 58 år i 1995, og anslag for 2000 viser at den har gått ned til 50 år. Over halvparten av befolkningen lever under fattigdomsgrensen. Over 70 prosent av befolkningen over 15 år kunne lese og skrive i 1995.
I tillegg til at tørke de siste årene har ødelagt for jordbruket, ble de sosiale forholdene betraktelig forverret etter ødeleggelsene i forbindelse med opptøyene i 1998. 80 prosent av kommersiell infrastruktur i Maseru og to andre større byer ble ødelagt. Det finnes ikke nøyaktige tall, med det anslås at det ble ødelagt for mange hundre millioner USD. De fleste virksomhetene var ikke forsikret, og gjennoppbygging av små og mellomstore bedrifter vil bli en betydelig utfordring for å oppnå økonomisk vekst og kunne bekjempe arbeidsledigheten som rammer over halvparten av den yrkesaktive befolkningen.
Økonomi
Lesothos eneste viktige naturressurs er vann, men funn av uran utenfor Teyateyaneng kan bli en viktig inntektskilde.
Økonomien er ellers basert på selvbergingsjordbruk og –husdyrhold, og inntekter fra gruvearbeidere i Sør-Afrika. I 1996 utgjorde inntektene fra disse 33 prosent av BNP. Landet er alvorlig overbefolket, men en fjerdel av den mannlige arbeidsstyrken arbeidet i Sør-Afrika på midten av 1990-tallet, noe som bidrar til å dempe dette presset.
Tollunionen med Sør-Afrika har stått for over halvparten av statens inntekter på 1990-tallet. Inntektene øker fra salg av vann til Sør-Afrika fra Katse-dammen som sto ferdig i 1998.
I 1988 tok regjeringen opp et større lån av Det internasjonale pengefondet (IMF), og begynte et strukturtilpasningsprogram som har medført store kutt i offentlige utgifter og en omfattende privatisering.