Mange har ikke flyttet tilbake. Familier ble brutt opp, arbeidsløshet og fattigdom økte. Kriminalitet og lovløshet ble utbredt, og det skjedde en etnisk/regional polarisering.
Borgerkrig og regimeskifte
I januar 1997 ankom den tidligere presidenten i Kongo, Denis Sassou-Nguesso (1979-92), til Brazzaville for å stille til presidentvalget som skulle holdes i juli. Situasjonen var meget spent, med militærmytteri og protester. Da den sittende presidenten Pascal Lissouba forsøkte å avvæpne Sassou-Nguessos milits, brøt det ut full krig. Hæren ble splittet langs politisk/etniske skillelinjer (Sassou-Nguesso er fra nord, mens Lissouba og Kolélas er fra sør). Ordføreren i Brazzaville Bernard Kolélas støttet Lissouba, men angolanske styrker gikk inn på Sassou-Nguessos side med fly, tropper og tungt artilleri.
I oktober 1997 hadde Sassou-Nguesso kontroll med de største byene, og erklærte seg for president. De grunnlovsfestede demokratiske institusjonene fra 1991-92 ble opphevet. Det ble dannet en nasjonal enhetsregjering og et overgangsparlament, men i realiteten lå makten hos presidenten. I 1998 ble det holdt en nasjonal forsoningskonferanse, og det skulle etter planen holdes avstemning over ny grunnlov innen utgangen av 1999 med alminnelige valg i 2001. Men mot slutten av 1998 ble det tatt opp igjen omfattende krigføring som varte utover i 1999. Sassou-Nguesso beholdt imidlertid kontrollen i Brazzaville, og tidlig i 2000 ble det undertegnet våpenhvile mellom regimet og de opprørske militsene. Dermed økte mulighetene for fred, men den videre demokratiseringsprosessen var uklar.
Religiøse grupper og fagforeninger er aktive i Kongo, og religiøse ledere har krevd reformer og stabilitet. En forholdsvis fri presse ble utviklet under president Lissouba, og ved århundreskiftet hersket fortsatt pressefrihet. Men det politiske klima var hardt, og opposisjon til regimet ble kritisert og utsatt for trusler.
Internasjonale forbindelser
Sassou-Nguesso hadde et nært personlig forhold til Angloas president José Eduardo dos Santos fra 1980-årene, og dos Santos intervenerte på hans side under borgerkrigen blant annet for å styrte president Lissouba. Lissouba var mistenkt for å støtte den angolanske opprørsbevegelsen UNITA. Som en følge av krigen har Angola fått seg betydelig innflytelse i Kongo. Sassou-Nguesso hadde også nær kontakt med Frankrike fra 1980-årene, og det franske oljeselskapet Elf er Kongos viktigste oljeprodusent. Den franske presidenten Jacques Chirac ønsket Sassou-Nguesso velkommen da han overtok makten igjen i Brazzaville i 1997. Andre vestlige regjeringer godkjente nølende regimeskiftet under forutsetning av at Sassou-Nguesso ville fremme forsoning og demokrati. Men skepsisen har økt etter hvert som Sassou-Nguesso har unnlatt å leve opp til forventningene. USA, og EU med unntak av Frankrike, har derfor øvd stadig sterkere press på regimet.
Økonomisk krise
Kongo har bare 2,8 millioner innbyggere, men det er store forskjeller mellom regionene og mellom by og land. Oljeindustrien skaffer storparten av eksportinntektene. Det meste av virksomheten foregår offshore og i havnebyen Pointe Noire. Inntil 1997 bodde nærmere en million mennesker i Brazzaville, som tjente både som regionalt og nasjonalt sentrum. Vel halvparten av befolkningen lever av jord- og skogbruk, som særlig er konsentrert i den sentrale sørlige delen av landet. Landet var lenge et mellominntektsland med forholdsvis høy inntekt per innbygger, men den nasjonale infrastruktur og de offentlige tjenestene ble ikke bygd ut så mye som en kunne forventet.
Borgerkrigen fra 1997 førte til omfattende ødeleggelser. Viktig infrastruktur ble ødelagt, og Brazzaville ble lagt i ruiner. Men allerede før krigen hadde Kongo store økonomiske problemer. Krise i de offentlige finanser, overvurdert valuta, politisk uro og økende gjeld førte til redusert økonomisk vekst, og landet ble i løpet av 1990-tallet et lavinntektsland. Det ble nølende innledet et samarbeid med Det internasjonale pengefondet (IMF) i løpet av første halvdel av 90-tallet. Dette skulle innebære økonomiske reformer med styrking av privat sektor og innstramming i offentlig administrasjon, men tiltakene ble avbrutt av krigen. Sommeren 2000 var det ennå ikke enighet mellom den kongolesiske regjeringen og IMF om et gjenreisingsprogram. Ved hjelp av oljeinntektene prøver Sassou-Nguesso å sette i stand transportsektoren og gjenreise økonomien, men landet er et av de mest forgjeldete i verden.
Sosiale problemer
Kongo hadde tidligere et relativt godt utbygd helse- og skolesystem. Dødeligheten for barn under fem år var mindre enn gjennomsnittet for regionen, og forholdsvis mange kunne lese og skrive. Allerede før krigen førte ressursmangel og vanstyre til svekkelse av de sosiale tjenestene, og under krigen ble svært mange helsesentre, sykehus og skoler ødelagt eller plyndret. Det foreligger lite pålitelig informasjon fra de senere år, men det er grunn til å tro at dødeligheten generelt har økt på grunn av redusert adgang til rent vann og skikkelige sanitærforhold, samt en økt utbredelse av smittsomme sykdommer. Spesielt ser det ut til at aids er i ferd med å spre seg. Dessuten får færre barn grunnleggende utdanning.