Motsetningene økte fram til våren 1998, da det kom til et bristepunkt utløst av at presidenten forsøkte å gjøre øverstkommanderende Ansumane Mané til syndebukk for våpensmugling til opprørere i nabolandet Senegal. Den 7. juni 1998 brøt det ut borgerkrig, og nesten hele hæren sto på Manés side. Da presidenten etter bare to dager ba om og fikk militær støtte av nabolandene, ble han raskt politisk isolert.
Krigen trakk ut i tid og førte til store lidelser for sivilbefolkningen. I mars 1999 ble de utenlandske styrkene tvunget til å trekke seg tilbake etter press fra flere vestafrikanske regjeringer. En liten vestafrikansk fredsbevarende styrke ble kortvarig satt inn i Guinea-Bissau. Da krigen blusset opp en siste gang fra 6. til 7. mai 1999, var presidentsiden sjanseløs. Opprørerne inntok palasset og president ”Nino” dro i landflyktighet til Portugal.
Motstand fra sivilsamfunnet
Under krigen i 1998-1999 spilte det sivile samfunnet en viktig rolle i motstanden mot det gamle regimet. Ulike samfunnsorganisasjoner krevde tilbaketrekning av de utenlandske styrkene og fredsforhandlinger. Fagforeninger organiserte demonstrasjoner, og biskopen ledet en komité for fred. Det er imidlertid en stor svakhet i demokratiseringsprosessen at slike organisasjoner ikke når ut på landsbygda i Guinea-Bissau, der det mangler politiske strukturer. Derfor er båndene svake mellom politikken og innbyggernes utviklingsbehov.
Etter presidentsidens nederlag i krigen gjennomførte en sivil overgangsregjering demokratiske valg til parlamentet og presidentembetet den 28.november 1999 og 16. januar 2000. Det gamle regimepartiet PAIGC, som helt fram til det første valget i 1994 hadde vært eneste lovlige parti, tapte stort, og opposisjonen fikk regjeringsmakten. I presidentvalget vant opposisjonens kandidat Kumba Yalá. Han fikk nesten 70 prosent av stemmene, og ble i februar 2000 innsatt som ny president for en femårsperiode. Men Yalá-regimet var ute av stand til å håndtere utviklingsproblemene, og i september 2003 ble han avsatt i et militærkupp.
Vieira tilbake
I mars 2004 vant PAIGC tilbake regjeringsmakten i nye demokratiske parlamentsvalg. Presidentvalget ble imidlertid utsatt gjentatte ganger på grunn av politisk uro. Da valget til slutt ble gjennomført i juli 2005, ble sluttresultatet paradoksalt. Som seirende sto den samme ”Nino” Vieira som hadde blitt jaget i landflyktighet seks år tidligere. Han hadde nå stilt opp som uavhengig kandidat og lyktes i å beseire sitt eget gamle partis kandidat, riktignok med knapp margin.
Tropisk
Guinea-Bissau ligger i Vest-Afrika, mellom Senegal i nord og Guinea i sør. Landet er blant de minste i Afrika, men omfatter likevel flere vegetasjonssoner. Klimaet er tropisk med regntid mellom juni og oktober. De lavtliggende kystområdene er gjennomskåret av buktende og skogkantede elver. Lenger innover går landskapet over i savanne i øst og nordøst. I sør er det mer tropiske forhold.
Over 400.000 mennesker lever i og rundt hovedstaden Bissau. De øvrige byene er små. Over 70 prosent av befolkningen på rundt 1,6 millioner bor altså på landsbygda og i småbyer. Nærmere 60 prosent antas å være under 20 år.
De største etniske gruppene er fulani, balanta, mandingo, manjaco og papel. Minst 13 språk er i bruk. Det største fellesspråket er kreol. Det offisielle språket er portugisisk, men det snakkes av kun 10 prosent. Flertallet av guineanerne har en animistisk-synkretistisk livsfilosofi og religion. Rundt 40 prosent er muslimer og noen prosent er kristne.
Lav levestandard
Ris og mais utgjør de viktigste næringskildene. Eksportinntektene kommer først og fremst fra jordbruket. Cashewnøtter har erstattet peanøtter som ledende eksportvare. I mai 1997 ble Guinea-Bissau innlemmet i den franskstyrte vestafrikanske valutaunionen Communauté Financière Africaine (CFA). Uutnyttede oljeressurser i havet har ført til juridiske tvister med nabolandene.
Levestandarden i Guinea-Bissau er lav i henhold til alle statistiske målestokker. På FNs Human Development Index (HDI) for 2007/2008 havner Guinea-Bissau på plass 175 av 177 land. 45 prosent av den voksne befolkning kan lese og skrive og 37 prosent av barna i skolealder går på skole. Kjøpekraften per innbygger har et nivå som tilsvarer en sjettedel av gjennomsnittet for alle utviklingsland og 1/41 av gjennomsnittet for høyinntektslandene i Organisasjonen for økonomisk samarbeid og utvikling (OECD). Det har ikke skjedd noen forbedring i løpet av 2000-tallet.
Usikker fremtid
Fremtiden er usikker. Økonomien fortsetter å stagnere. Leveforholdene er ikke bedret siden tiden før krigsutbruddet i 1998. Avhengigheten av bistand er ekstrem, og bistandsgivernes tiltro til landet svak.
De politiske partiene er svake og splittede, og regjeringene er kronisk ustabile. Parlamentsvalget i november 2008 ser foreløpig ikke ut til å bidra til forandring. De militære er overtallige og misfornøyde. Samtidig har landet blitt innblandet i den globale narkotikahandelen, som mellomledd mellom Latin-Amerika og Europa.
Det er avgjørende for framtida at Guinea-Bissaus innbyggere får mulighet til selv å ta ansvar for sine utviklingsbehov. Inntil videre er det vanskelig å se noen tegn til en slik fornyelse.