Øyriket har til nå fått begrenset internasjonal oppmerksomhet. Landet er nummer 127 av 169 på FNs liste over menneskelig utvikling (HDI), og regnes som et av verdens mest bistandsavhengige land. Oljefunn på 2000-tallet gjør at dette nå kan være i endring. São Tomé og Principe deler rettighetene til enkelte av oljefeltene med Nigeria, som har store utfordringer i forvaltningen av sine petroleumsressurser og opplever vesentlig sosial uro. Hittil har myndighetene ikke overbevist når det gjelder å sikre en transparent og demokratisk utvinningsprosess, og resultatet av valget i 2011, der øyrikets første president kom tilbake til makten, vekker bekymring. Oljefunnene vil med sikkerhet føre til en dramatisk endring for landet, men det er for tidlig å fastslå hvorvidt endringen vil være til det bedre eller til det verre.
Økonomiske forhold
I likhet med andre tidligere plantasjeøkonomier var São Tomé og Principe ved frigjøringen kjennetegnet av såkalt monokultur, det vil si en nær fullstendig avhengighet av ett landbruksprodukt, i dette tilfellet kakao, som ble eksportert uforedlet. Da prisen på kakao stupte mot slutten av 1990-tallet, var konsekvensene katastrofale. For å unngå en lignende situasjon i fremtiden, og for å begrense omfattende jorderosjon og -utmatting, foretok landet en omfattende restrukturering av kakaosektoren, der kjernebegrepene var rettferdig handel, økologisk jordbruk, høy kvalitet og foredling før eksport. Dette førte til at kakaoproduksjonen ble ti ganger større, samtidig som prisen femdoblet seg. Dermed økte de samlede inntektene fra dyrking av kakao dramatisk, uten at dette bidro til redusert avhengighet i nevneverdig grad.
Omstruktureringen av kakaoproduksjonen og den påfølgende inntektsøkningen har ført til positive sosiale endringer, blant annet gjennom at landbrukskooperativene fikk økonomisk mulighet til å investere i utvidelse av både grunnskole- og helsetilbud. Det er håp om at satsingen på økologisk landbruk også kan gi fordeler for andre landbruksvarer. Det har dessuten blitt gjort begrensede satsinger på blomsterproduksjon. Også turisme har opplevd en viss vekst i de senere år.
Utover landbruk og en viss grad av fiske og industri, sistnevnte primært for eget forbruk, kommer store deler av landets inntekter fra bistandsmidler. Landet har i de senere år fått ettergitt store deler av sin utenlandsgjeld. De samarbeider med Verdensbanken og Det internasjonale pengefondet (IMF) om programmer for fattigdomsreduksjon, noe som har medført omfattende liberalisering. I 1997 vedtok nasjonalforsamlingen opprettelsen av en frihandelssone i Guineabukta, med ny dypvannshavn og et offshore handelssenter som skal registrere offshore bedrifter og verne om finansielle handelsavtaler.
Mye tyder på at oljefunnene tidlig på 2000-tallet vil føre til at den økonomiske strukturen vil gjennomgå store endringer i årene som kommer. Utviklingen er enda ikke kommet til utvinningsstadiet, slik at påvirkningen på økonomien inntil videre er usikker. Det antas at kommersiell utvinning vil begynne i løpet av 2013.
Politiske utfordringer
Helt siden frigjøringen fra Portugal har São Tomé og Principe vært preget av perioder med politisk ustabilitet. Etter nær 15 år under president Manuel Pinta da Costa ble et flerpartisystem innført i 1990, og det første frie valget ble gjennomført i 1991. Det ble avholdt presidentvalg i 2011, og ettersom Fradique de Menezes allerede hadde sittet i to perioder, og dermed ikke kunne stille til gjenvalg, ble da Costa valgt med smal margin, denne gangen som uavhengig kandidat. Med unntak av enkelte lokale protester mener både lokale og internasjonale valgobservatører at valget var fritt og rettferdig, men gjenvalget har like fullt vekket bekymring for at man er på vei tilbake til et mer autoritært styresett.
Gabriel Costa ble valgt til statsminister i desember 2012, etter et mistillitsforslag mot regjeringen til Patrice Emery Trovoada. Costa satt som statsminister i seks måneder i 2002.
Det at statsministeren og regjeringen ikke er fra samme politiske parti har blitt løftet fram som en mulig årsak til ustabilitet, men kan også bety at statlige kontrollmekanismer kan tenkes å fungere bedre.
Fordelingsproblematikk
São Tomé og Principe har, som Afrikas første plantasjeøkonomi, en historie preget av omfattende ulikhet. Selv om nasjonaliseringen på 1970-tallet og den påfølgende opprettelsen av kooperativer bidro til å redusere skillet mellom portugisere og lokalbefolkningen og mellom landeiere og de som arbeidet på gårdene, har nye kilder til potensiell ulikhet kommet til. Fremst av disse kildene er oljefunnene.
São Tomé og Principe gjenopptok i 2012 sin status som kandidatland til Utvinningsindustriens initiativ for åpenhet (EITI), etter å ha blitt strøket som medlemsland i etterkant av å ha fått avslag på en dispensasjonssøknad i 2010. Human Rights Watch var blant aktørene som advarte mot utviklingen. Menneskerettighetsorganisasjonen ønsket blant annet at São Tomé og Principe skulle gå gjennom forvaltningsavtalen for oljefeltene sammen med Nigeria. Administrasjonen av dette området er jevnlig gjenstand for uenighet.
Norge innledet i 2008 et samarbeid med São Tomé og Principe, der Norge bidrar med rådgivning angående petroleumslovgiving, forskrifter, kontrakter og forvaltning. Landenes oljedirektorater er hovedparter i samarbeidet. São Tomé og Principe er side-akkreditert til den norske ambassaden i Luanda, Angola, og norske diplomater er på jevnlige besøk. Norges innsats utfyller innsatsen til Verdensbanken på dette området. Også norske selskaper har konkurrert om konsesjoner til ulike stadier av utvinningen, noe som gir ekstra årsak til å følge utviklingen fremover.