Politisk uro
I 1980 ble Luis Cabral fjernet i et militærkupp ledet av Joao Bernando Vieira, som også tilhørte PAIGC. I løpet av 1980-tallet fikk landet et flerpartisystem, og Vieira innførte også markedsøkonomi. Det første frie parlamentsvalget ble avholdt i 1994, hvor PAIGC vant med klar margin. Vieira vant også presidentvalget samme år. Vieira var imidlertid ingen ukontroversiell president, anklager om både korrupsjon og politiske vennetjenester fulgte tett i hans spor. I 1999 ble Vieira tvunget i eksil etter at general Ansumane Mane ledet et kupp i kjølvannet av en fire måneder lang borgerkrig året før.
Dette kuppet innledet den hittil eneste perioden uten PAIGC-styre. I januar 2000 ble Kumba Ialá fra Social Renewal Party (PRS) valgt til president, og partiet ble også størst i parlamentet. Ialás regjeringstid var preget av stor uro. Den selvutnevnte forsvarssjefen Ansumane Mane forsøkte å iscenesette et nytt statskupp i november 2000, men ble i stedet selv drept av regjeringslojale styrker. I 2003 ble likevel president Kumba Ialá fjernet ved militærkupp. Joao Bernando Vieira kom tilbake fra sitt eksil i Portugal, og da PAIGC vant nyvalget i 2005 ble han igjen Guinea-Bissaus president.
Fire år senere ble Guinea-Bissau på ny rystet av attentater. 2. mars 2009 ble først forsvarssjefen, general Tagme Na Waie, drept i et bombeangrep, og bare timer senere ble president Vieira skutt av opprørssoldater. Partikollega Malam Bacai Sanhá vant det påfølgende valget, men i januar 2012 døde også han etter lang tids sykdom. Nyvalget etter Sanhás død ble avbrutt av nok et militærkupp, og Manuel Serifo Nhamadjo (PAIGC) ble utnevnt til midlertidig president inntil et nytt valg omsider kunne avholdes i april 2014.
Internasjonale relasjoner
Urolighetene i Guinea-Bissau må ses i sammenheng med landets forbindelser til omverden. Borgerkrigen i 1998 var ikke bare en maktkamp mellom tilhengere av president Vieira og general Mane. Konflikten knyttet også an til uroligheter i Casamance-regionen i nabolandet Senegal. Borgerkrigen ble utløst da Vieira beskyldte Mane for å bistå separatistbevegelser i Senegal med smugling av våpen. Vieira mottok militær støtte fra både Senegals og Guineas myndigheter, mens Mane fikk støtte fra Guinea-Bissaus egen hær. Foruten de menneskelige tapene borgerkrigen medførte, var også de økonomiske etterdønningene nedslående. Guinea-Bissaus BNP falt med 28 prosent samme år, og landet ble ytterligere avhengig av bistand.
Befolkningens levekår
Rundt 80 prosent av arbeidsstyrken livnærer seg av landbruk. Landbruket er imidlertid dårlig utbygd, og Guinea-Bissau er avhengig av å importere flere basisvarer. Med god politisk styring vil det likevel være mulig å utvikle jordbruket, slik at landet blir selvforsynt med bl.a. ris. Befolkningens levestandard er ekstremt dårlig. Forventet levealder er blant de desidert laveste i verden og barseldødeligheten blant de høyeste. Naturlig nok henger dette sammen med stor mangel på leger og medisiner og et svært dårlig utbygd helsevesen. Trafficking av barnearbeidere og omskjæring av kvinner har vært et stort problem.
Når det gjelder ytringsfrihet, legger myndighetene få restriksjoner på landets uavhengige aviser og radiokanaler, selv om selvsensur fra medienes side har vært utbredt. Et problem mediene har er mangel på utstyr til å distribuere nyhetsmeldinger. Ikke-statlige organisasjoner får operere nokså fritt, og arbeidere har rett til å organisere seg. Sivilsamfunnets relativt gode stilling har kommet til syne gjennom demonstrasjoner. I juli 2011 demonstrerte rundt 15.000 mennesker mot høye matvarepriser. Også ved militærkuppet i 2012 pågikk store demonstrasjoner med flere hundre mennesker.
Til tross for en svært broket historie ligger nå forholdene bedre til rette enn på lenge for å etablere et stabilt styre i Guinea-Bissau. Umiddelbart etter det fredelige valget i 2014 og innsettelsen av José Mário Vaz som president, ble Guinea-Bissau tatt inn i varmen igjen av AU, mens EU gjenopptok sin økonomiske bistand. Noe av det første José Mário Vaz gjorde som president, var å avsette forsvarssjefen Antonio Indjai i et forsøk på å reformere hæren. Håpet fram mot neste valg i 2018 er å få etablert en stabil regjering uten innblanding fra militæret, og at man klarer å bygge videre på de lyspunktene som tross alt har vist seg levedyktige gjennom en vanskelig tid.